Департамент в соответствии с законодательством Российской Федерации, в пределах установленной компетенции имеет право:
4.1. Участвовать в разработке проектов законов и иных нормативных правовых актов Краснодарского края, инструктивно-методических и нормативно-технических документов (правил) в области водного хозяйства и защиты населения и территорий края от чрезвычайных ситуаций.
4.2. Представлять интересы Краснодарского края на федеральном и межрегиональном уровнях по вопросам водного хозяйства и ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций.
4.3.Принимать решения, необходимые для организации и координации работы в области водного хозяйства края, по осуществлению аварийно-восстановительных работ и восстановлению территорий после ликвидации чрезвычайных ситуаций, обязательные для выполнения исполнительными органами местного самоуправления, организациями и населением, органами исполнительной власти Краснодарского края, территориальными органами федеральных органов исполнительной власти.
4.4.Вносить в администрацию края для последующего рассмотрения на сессии Законодательного Собрания Краснодарского края предложения по установлению дифференцированных размеров платы за пользование водными объектами. Осуществлять контроль за взиманием платы за пользование водными объектами. Готовить бюджетные предложения.
4.5.Участвовать в организации и осуществлении мероприятий, связанных с предупреждением и ликвидацией чрезвычайных ситуаций.
4.6.Давать заключения и согласовывать в установленном порядке проектно - сметную документацию на работы, связанные с чрезвычайными ситуациями и функционированием водохозяйственного комплекса края.
4.7.Заслушивать отчеты руководителей организаций по вопросам соблюдения водного законодательства.
4.8. Осуществлять в установленном порядке организацию проверок, запрашивать информацию, необходимую для выполнения возложенных на департамент функций.
4.9. Организовывать подготовку и защиту в федеральных органах исполнительной власти документов на получение денежных средств для финансирования мероприятий, связанных с чрезвычайными ситуациями и функционированием водохозяйственного комплекса края.
4.10. Принимать участие в работе федеральных и краевых комиссий, иных совещательных органов.
4.11. Осуществлять иные полномочия, переданные федеральными органами государственной власти в установленном порядке.