В соответствии с законодательством Российской Федерации основными задачами департамента являются:
2.1. Формирование эффективной системы управления водохозяйственным комплексом края и защитой населенных пунктов и территорий от наводнений и вредного воздействия вод,
2.2. Взаимодействие и координация деятельности всех находящихся на территории края водохозяйственных организаций, а также водохозяйственных организаций Республики Адыгея по вопросам, затрагивающим интересы края.
2.3.Организация разработки и реализации краевых целевых программ, участие в разработке и реализации федеральных программ и проектов, направленных на устойчивое функционирование водохозяйственного комплекса края, защиту населенных пунктов и территорий от наводнений и вредного воздействия вод.
2.4. Выполнение функций распорядителя средств краевого бюджета, предусмотренных на развитие водного хозяйства, предупреждение и ликвидацию чрезвычайных ситуаций и их последствий, установленных краевыми программами и законодательством Краснодарского края о краевом бюджете, и осуществление контроля за целевым использованием бюджетных средств.
2.5. Организация, методическое руководство составлением проектно-сметной и иной документации для финансирования и осуществления мероприятий по охране водных объектов, эксплуатации гидротехнических сооружений, объектов водохозяйственного комплекса края и ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций.
2.6. Разработка и финансирование мероприятий по устойчивому функционированию водохозяйственного комплекса края, охране водных объектов, безопасности гидротехнических сооружений, защите населенных пунктов и территорий от наводнений и вредного воздействия вод, осуществлению аварийно-восстановительных работ и восстановлению территорий после ликвидации чрезвычайных ситуаций.
2.7. Взаимодействие со специально уполномоченными органами и организациями по осуществлению действий, направленных на безопасную эксплуатацию объектов водохозяйственного комплекса, гидротехнических сооружений и предупреждение и ликвидацию опасных последствий паводков и чрезвычайных ситуаций.