В соответствии с законодательством Российской Федерации и Краснодарского края основными задачами департамента являются:
2.1. Осуществление на территории Краснодарского края функций государственного заказчика в области изучения, использования, воспроизводства, охраны природных ресурсов и окружающей среды, обеспечения экологической безопасности, организации и управления особо охраняемыми природными территориями краевого значения по направлениям:
- охрана окружающей среды;
- воспроизводство и использование минерально-сырьевой базы;
- водные ресурсы;
- охрана, воспроизводство и использование биоресурсов.
2.2. Осуществление функций государственного заказчика в области защиты населения и территорий края от чрезвычайных ситуаций.
2.3. Выполнение функций распорядителя средств краевого бюджета, предусмотренных на развитие водного хозяйства, охрану окружающей среды, охрану и воспроизводство биоресурсов, воспроизводство минерально-сырьевой базы, осуществление мероприятий по предупреждению и ликвидации чрезвычайных ситуаций и их последствий в объемах, установленных краевыми программами и законодательством Краснодарского края о краевом бюджете, и осуществление контроля за целевым использованием бюджетных средств.
2.4. Определение основных направлений деятельности по использованию природных ресурсов, охране окружающей среды, устойчивому функционированию водохозяйственного комплекса, защите территорий от наводнений и вредного воздействия вод, по защите населения и территорий края от чрезвычайных ситуаций.
2.5. Взаимодействие со специально уполномоченными органами и организациями по осуществлению действий, направленных на экологическую безопасность, безопасное функционирование водохозяйственных объектов, предупреждение и ликвидацию опасных последствии паводков и чрезвычайных ситуаций.
2.6. Участие в осуществлении государственной системы экологического мониторинга.
2.7. Организация разработки и реализации краевых целевых программ, участие в разработке и реализации федеральных программ и проектов в области охраны окружающей среды, природопользования, водного хозяйства, защиты населения и территорий от чрезвычайных ситуаций.
2.8. Организация экологического воспитания, образования и просвещения населения в области природопользования и охраны окружающей среды.