5.1. Совет в соответствии с возложенными на него функциями образует межведомственные комиссии, которые являются его основными рабочими органами. В зависимости от поставленных перед ними задач межведомственные комиссии Совета создаются по функциональному или территориальному признаку на постоянной или временной основе.
5.2. Межведомственные комиссии Совета осуществляют подготовку предложений и рекомендаций Совету по основным вопросам в области обеспечения безопасности, способствуют взаимодействию исполнительных органов государственной власти края, территориальных органов федеральных органов исполнительной власти, органов местного самоуправления муниципальных образований Краснодарского края, общественных организаций и объединении по выполнению федеральных и краевых целевых программ, а также решении Совета в сфере обеспечения безопасности.
5.3. Вопрос об образовании, составе и упразднении межведомственных комиссий Совета решается Советом безопасности по представлению заместителя председателя Совета. По решению Совета межведомственные комиссии возглавляют члены Совета либо лица, уполномоченные главой администрации (губернатором) края.
5.4. Межведомственные комиссии Совета действуют в соответствии с положениями о них, утвержденными Советом по представлению заместителя председателя Совета, и вправе внести на рассмотрение Совета любой вопрос, входящий в компетенцию Совета.
5.5. Информационно-аналитическое и организационно-техническое обеспечение деятельности межведомственных комиссий Совета осуществляют органы государственной власти Краснодарского края, а также территориальные органы федеральных органов исполнительной власти, функционирующие на территории Краснодарского края (по согласованию с ними), представители которых участвуют в работе этих комиссий.
5.6. Межведомственные комиссии Совета в своей работе взаимодействуют с рабочим аппаратом Совета.