Контроль за исполнением Программы осуществляют администрация Краснодарского края и Законодательное Собрание Краснодарского края, Управление ветеринарии Федерального агентства по сельскому хозяйству.
Координатором и распорядителем средств краевого бюджета, направляемых на реализацию Программы, является государственное управление ветеринарии Краснодарского края, которое обеспечивает координацию деятельности основных исполнителей Программы, привлечение средств федерального бюджета, контролирует целевое и эффективное использование финансовых средств и выполнение намеченных мероприятий, формирует совместно с основными исполнителями Программы бюджетную заявку, предусматривая в ней объемы финансирования на последовательную реализацию мероприятий Программы, и ежегодно представляет ее в департамент по финансам, бюджету и контролю Краснодарского края, а также представляет отчеты о ходе реализации Программы в администрацию Краснодарского края и Законодательное Собрание Краснодарского края, Управление ветеринарии Федерального агентства по сельскому хозяйству.
Основные исполнители Программы формируют рабочие документы для проведения конкурсных закупок оборудования и расходных материалов, готовят отчеты о ходе реализации Программы за отчетный год и представляют в государственное управление ветеринарии Краснодарского края.
Корректировка Программы, в том числе включение в нее новых мероприятий, продление срока ее реализации, осуществляется в установленном законом порядке по предложению государственного заказчика Программы.