Организация управления Программой и контроль за ходом ее реализации основаны на формах и методах управления, определяемых государственным заказчиком, и направлены на координацию выполнения мероприятий Программы, включая мониторинг их реализации, оценку результативности, непосредственный контроль за ходом выполнения мероприятий Программы, подготовку отчетов о реализации Программы, внесение предложений по корректировке Программы.
Контроль за ходом выполнения Программы осуществляется в порядке, определенном нормативными правовыми актами Ставропольского края.
Контроль за целевым использованием средств бюджета Ставропольского края, выделяемых на реализацию мероприятий Программы, осуществляют государственный заказчик и министерство финансов Ставропольского края.