Организация управления Программой возлагается на государственного заказчика Программы. По основным мероприятиям Программы государственным заказчиком разрабатываются конкретные планы действий, заключаются договоры и соглашения.
Главное управление Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий по Ставропольскому краю (по согласованию) готовит на основании информации, представляемой к 10 числу месяца, следующего за отчетным периодом, в установленном порядке исполнителями Программы, ежеквартальный отчет о реализации Программы на заседание комиссии по предупреждению и ликвидации чрезвычайных ситуаций и обеспечению пожарной безопасности в Ставропольском крае.