Защита персональных данных граждан в Региональной системе обеспечивается в соответствии с требованиями законодательства Российской Федерации за счет ведения перечня информационных ресурсов Региональной системы и сведений об уровне их конфиденциальности, ведения единого каталога пользователей, их ролей и категорий, использования инфраструктуры открытых ключей ЭЦП и шифрования данных, поддержки обмена юридически значимыми электронными документами, обезличивания персональных данных, получаемых из МИС для централизованной обработки и хранения при их передаче по каналам связи, использования организационно-режимных мер управления доступом к Региональной системе и обеспечения физического разделения информации и ресурсов Региональной системы, требующих различных мер и средств их защиты.