Организация управления Программой и контроль за ходом ее реализации основываются на формах и методах управления, определяемых государственным заказчиком, и направлены на координацию выполнения мероприятий Программы, включая мониторинг их реализации, оценку результативности мероприятий Программы, непосредственный контроль за ходом выполнения мероприятий Программы, подготовку отчетов о реализации Программы, внесение предложений по корректировке Программы.
Контроль за ходом реализации мероприятий Программы, целевым расходованием финансовых средств и эффективностью их использования в части строительства и реконструкции дошкольных образовательных учреждений края осуществляется министерством строительства и архитектуры Ставропольского края, в части остальных мероприятий Программы - министерством образования Ставропольского края.
Исполнители мероприятий Программы представляют в министерство образования Ставропольского края отчеты о ходе финансирования и выполнения мероприятий Программы ежеквартально, к 10 числу месяца, следующего за отчетным кварталом, ежегодно - до 20 января года, следующего за отчетным.