Суть казначейской системы исполнения бюджета заключается в максимальной централизации управления потоками доходов и расходов и переходе от практики авансового финансирования расходов бюджетополучателей к прямому финансированию их расходов согласно представленной смете, с перечислением денежных средств непосредственно на счета контрагентов.
До принятия федеральных стандартов казначейского исполнения бюджета под казначейской системой понимается система исполнения бюджета, которая отвечает следующим требованиям: наличие единого бюджетного счета; закрытие банковских счетов бюджетных учреждений и переход к финансированию по лицевым счетам; перевод на обслуживание в казначейство главных распорядителей, распорядителей бюджетных средств и бюджетных учреждений; исполнение бюджета путем перечисления денежных средств непосредственно поставщикам товаров, работ и услуг, осуществление казначейством контроля за исполнением лимитов и учета бюджетных обязательств; учет доходов от предпринимательской и иной приносящей доход деятельности бюджетных учреждений в казначействе.