Управление Программой и контроль за ходом ее реализации осуществляются государственным заказчиком - министерством здравоохранения Ставропольского края, который определяет формы и методы управления и осуществления контроля, включая:
проведение совещаний с главными специалистами и руководителями государственных учреждений здравоохранения,
мониторинг реализации программных мероприятий,
периодическое заслушивание главных специалистов по выполнению Программы на коллегиях министерства здравоохранения края,
непосредственный контроль за освоением выделенных бюджетных средств в разрезе приоритетных направлений развития здравоохранения, включенных в Программу;
подготовку отчетов о реализации Программы;
корректировку Программы в установленном порядке.
Министерство здравоохранения Ставропольского края с учетом выделяемых на реализацию Программы финансовых средств ежегодно уточняет затраты по программным мероприятиям и состав исполнителей.