Управление и координацию выполнения Программы осуществляет государственный заказчик - администрация Магаданской области.
Механизм реализации Программы базируется на принципах партнерства территориальных органов федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти Магаданской области, а также четкого разграничения полномочий и ответственности всех исполнителей Программы.
В ходе реализации Программы отдельные мероприятия, объемы финансирования могут ежегодно корректироваться на основе анализа полученных результатов, фактической потребности в средствах на реализацию мероприятий в текущем году и (или) потребности в средствах на реализацию мероприятий, в соответствии с возможностями областного бюджета.