Департамент в соответствии с возложенными на него задачами выполняет следующие основные функции:
3.1 Управление запасами рыб, других водных животных и растений в рыбохозяйственных водоемах, расположенных на территории области.
3.2 Разработка и организация внедрения (исполнения) региональных программ в области изучения, охраны, воспроизводства и использования запасов рыб, других водных животных и растений.
3.3 Участие в разработке и совершенствовании законодательства в области рыболовства и охраны рыбных запасов.
3.4 Ведение рыбохозяйственного кадастра и мониторинга запасов рыб, других водных животных и растений, к управлению администрации области.
3.5 Участие в рассмотрении споров между пользователями биоресурсов вопросам охраны и пользования запасов рыб, других водных животных и растений.
3.6 Участие совместно с заинтересованными органами в подготовке проектов документов о правилах рыболовства и лимитах использования запасов рыб, других водных животных и растений.
3.7 Осуществление контроля за наличием лицензий у предприятий рыбного хозяйства области всех форм собственности.
3.8 Осуществление контроля за наличием лицензий у предприятий и организаций области всех форм собственности, занимающихся спортивным рыболовством.
3.9 Согласование выдачи разрешений по отводу участков на использование запасов рыб, других водных животных и растений в промышленных, ручных, контрольных, воспроизводственных и иных целях в водоемах, отнесенных к управлению администрации области.
3.10 Взаимодействие с Департаментом по рыболовству Минсельхозпрома России, МоТИНРО, управлением "Охотскрыбвод", погранвойск, таможни по вопросам предоставления или прекращения промысла водных биоресурсов, отнесенных к управлению администрации области, а также строительства и приобретения рыбопромысловых судов.
3.11 Участие по поручению администрации области в подготовке материалов к межправительственным соглашениям в области рыболовства с иностранными государствами, включая предложения о выделении квот вылова рыб, других водных животных и растений в исключенной экономической зоне Российской Федерации.
3.12 Подготовка материалов по обоснованию и защите государственных бюджетных ассигнований на развитие рыбопромышленного комплекса и на покрытие затрат предприятий, выпускающих убыточную продукцию.
3.13 Участие в разработке предложений по установлению платы за пользование запасами рыб, других водных животных и растений для возмещения затрат на их изучение, воспроизводство и охрану.
3.14 Разработка предложений по основным направлениям инвестиционной политики рыбной отрасли области и обеспечения контроля за их внедрением.
3.15 Оказание помощи предприятиям рыбной отрасли области в развитии экономических и производственных связей с зарубежными партнерами и предприятиями других субъектов Российской Федерации.
3.16 Организация работы по структурной перестройке предприятий рыбопромышленного комплекса, исходя из сложившейся социально-экономической ситуации в области и материально-технической базы отрасли. Подготовка предложений по руководящим кадрам рыбной отрасли области при их замещении и назначении.
3.17 Участие в распределении водных биоресурсов через Дальневосточный научно-промысловый Совет, отстаивание интересов рыбной отрасли Магаданской области в вопросах выделения квот на добычу рыбы и морепродуктов.
3.18 Осуществление контроля за использованием предприятиями выделенных им в хозяйственных целях квот на освоение водных биоресурсов.
3.19 Департамент может осуществлять и иные функции, дополнительно делегируемых ему Департаментом по рыболовству Минсельхозпрода России в пределах его компетенции.
3.20 Организует, управляет и контролирует Рыбохозяйственный Совет при Администрации области. Начальник Департамента рыбного хозяйства является председателем Рыбохозяйственного Совета.