2.1 Реализация государственной политики в области рационального использования запасов рыб, других водных животных и растений, их сохранение и воспроизводство на региональном уровне с учетом интересов области.
2.2 Регулирование использования в рыбохозяйственных водоемах запасов рыб, других водных животных и растений, отнесенных в установленном порядке к ресурсам, распоряжение которыми находится в ведении администрации области.
2.3 Участие в регулировании использования в рыбохозяйственных водоемах запасов рыб, других водных животных и растений, отнесенных в установленном порядке к объектам федеральной собственности и ресурсов, отнесенных к совместному управлению с Департаментом по рыболовству Минсельхозпрода России.
2.4 Регулирование распределения лимитов вылова рыб, других водных животных и растений, выделенных Департаментом по рыболовству Минсельхозпрода России для пользователей области независимо от форм их собственности.
2.5 Координация деятельности рыбохозяйственных организаций и предприятий Магаданской области.
2.6 Формирование системы государственного регулирования деятельности рыбопромышленного комплекса области.
2.7 Организация совместно с Магаданским филиалом ТИНРО, управлением \"Охотскрыбвод\" и другими заинтересованными организациями изучения и освоения в рамках научно-исследовательских работ контрольного лова малоизученных, труднодоступных и недоиспользуемых запасов рыб, других водных животных и растений в водах, прилегающих к территории области, а также в водах за пределами юрисдикции области по согласованию с Департаментом по рыболовству Минсельхозпрода России, субъектами РФ или иностранными государствами, под юрисдикцию которых попадает водная территория
2.8 Разработка и обеспечение краткосрочных и долгосрочных программ развития рыбопромышленного комплекса области в соответствии с Программой развития Дальневосточного бассейна.
2.9 Содействие в организации и осуществлении государственного надзора за безопасностью плавания судов рыбопромыслового флота, обеспечения сохранности человеческой жизни на море, а также за безопасным ведением промысловых операций судами, зарегистрированных в морских рыбных портах Магаданской области, независимо от назначения этих судов и форм собственности.