Контроль за целевым использованием средств Фонда осуществляют контрольно-счетная палата Собрания депутатов и контрольно - ревизионное управление администрации округа.
Контрольно-счетная палата Собрания депутатов вправе в процессе исполнения программ и мероприятий, финансируемых за счет средств Фонда, получать информацию о поступлении и расходовании средств Фонда.
Контрольно-ревизионное управление администрации округа проводит проверки использования средств Фонда в соответствии с заданием, утвержденным администрацией округа. Наблюдательный совет вправе обратиться в контрольно-ревизионное управление администрации округа с просьбой о проведении внеочередных проверок использования средств Фонда.
Должностные лица, допустившие предоставление средств Фонда на цели, не предусмотренные законом округа "О целевом бюджетном фонде финансирования программ и мероприятий, направленных на социально-экономическое развитие округа" и программой, утвержденной в установленном порядке, несут ответственность в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации и Ненецкого автономного округа.
Получатели средств Фонда, использовавшие их на цели, не предусмотренные законом округа "О целевом бюджетном фонде финансирования программ и мероприятий, направленных на социально-экономическое развитие округа" и программой, утвержденной в установленном порядке, несут ответственность в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации и Ненецкого автономного округа.
Средства Фонда, использованные не по целевому назначению, подлежат возврату в Фонд в порядке, установленном действующим законодательством.