Средства Фонда расходуются на финансирование программ и мероприятий, направленных на социально-экономическое развитие округа. Конкретный перечень мероприятий и объектов строительства, которые будут финансироваться за счет средств Фонда в очередном финансовом году, утверждается Собранием депутатов НАО.
Объем доходов и расходов Фонда на очередной финансовый год утверждается в порядке, установленном законом округа "О бюджетном устройстве и бюджетном процессе в Ненецком автономном округе".
Для включения в программу финансирования за счет средств Фонда органы местного самоуправления, государственные предприятия и учреждения ежегодно, в сроки, определенные для предоставления документов для формирования бюджета на очередной финансовый год, предоставляют Главному распорядителю, в компетенцию которого входит решение соответствующего вопроса, заявки на получение средств из Фонда. К заявкам в случае необходимости прилагаются технико-экономическое обоснование, результаты проведения конкурсов, проектно-сметная документация, прошедшая государственную вневедомственную экспертизу.
Предложения Главного распорядителя вносятся на рассмотрение Совета. С учетом рекомендаций Совета формируется проект программ и мероприятий, предложенных для финансирования за счет средств Фонда. Проект программы и перечня мероприятий вносится главой администрации округа на рассмотрение и утверждение Собранием депутатов округа одновременно с проектом закона об окружном бюджете на соответствующий финансовый год. Внесение изменений и дополнений в программы и мероприятия, финансируемые из Фонда, в течение финансового года производятся в том же порядке.
Программы и мероприятия, финансируемые за счет средств Фонда, утверждаются при принятии законов об окружном бюджете или о внесении изменений в закон об окружном бюджете на очередной финансовый год отдельным приложением к закону округа об окружном бюджете.
Расходование средств Фонда осуществляется Главного распорядителя в порядке, установленном бюджетным законодательством.