Управление реализацией Программы осуществляется заказчиком-координатором Программы - департаментом здравоохранения области, а также по соответствующим мероприятиям Программы ответственными органами исполнительной государственной власти области, территориальными органами федеральных органов исполнительной власти.
Начальник департамента здравоохранения области является руководителем Программы. Руководитель Программы несет ответственность за реализацию и конечные результаты Программы, рациональное использование выделяемых на ее выполнение финансовых средств.
Государственный заказчик (заказчик-координатор) Программы с учетом выделяемых на реализацию Программы финансовых средств ежегодно уточняет затраты по программным мероприятиям и с учетом этого - целевые показатели Программы в срок, установленный законом области от 29 марта 2002 года N 772-ОЗ "О бюджетном процессе в Вологодской области".
Реализация мероприятий Программы осуществляется в соответствии с Федеральным законом от 21 июля 2005 года N 94 -ФЗ "О размещении заказов на поставки товаров выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд".