Контроль за реализацией Программы осуществляется заказчиком-координатором Программы - департаментом здравоохранения области и первым заместителем Губернатора области, курирующим соответствующую отрасль.
Для обеспечения мониторинга и контроля за ходом реализации Программы заказчик-координатор Программы ежеквартально до 20 числа месяца следующего за отчетным кварталом представляет первому заместителю Губернатора области, курирующему соответствующую отрасль, а в копии аналитическому комитету Правительства области и контрольно-аналитическому управлению Правительства области информацию о выполнении мероприятий программы, содержащую анализ положительных результатов, а также причины недостатков и нерешенных проблем (включая информацию о качестве и комплектности полученного оборудования, техники, дате ввода их в эксплуатацию, об использовании их по назначению и т.д.).
Заказчик-координатор Программы - департамент здравоохранения области, органы исполнительной государственной власти области, территориальные органы федеральных органов исполнительной власти, являющиеся исполнителями Программы, осуществляют подготовку и представление аналитической информации в порядке и сроки, установленные постановлением Правительства области от 29 декабря 2003 года N 1236 "О порядке разработки и формирования долгосрочных целевых программ".
Система контроля за исполнением программных мероприятий включает в себя сопровождение заказчиком государственных контрактов, проведением заказчиком либо исполнителями программы проверок, инвентаризаций по вопросам целевого и эффективного использования средств в рамках реализации Программы.