Контроль за ходом реализации Программы осуществляет заместитель Губернатора области, курирующий соответствующую отрасль.
Для обеспечения мониторинга и контроля за ходом реализации Программы Департамент по охране, контролю и регулированию использования объектов животного мира области:
два раза в год (до 20 июля и до 20 января) представляет заместителю Губернатора области, курирующему соответствующую отрасль, а в копии - в департамент экономики Правительства области (с 24 июля 2012 года – Департамент экономики области) и контрольно-аналитическое управление Правительства области справку о выполнении мероприятий Программы;
ежегодно в срок до 1 марта года, следующего за отчетным, готовит и направляет в департамент экономики Правительства области (с 24 июля 2012 года – Департамент экономики области), а также в Департамент финансов области годовой отчет о ходе реализации Программы.
Департамент природных ресурсов и охраны окружающей среды области два раза в год (15 июля и 15 января) представляет Департаменту по охране, контролю и регулированию использования объектов животного мира области информацию о ходе реализации мероприятий Программы, а также ежегодно к 15 февраля информацию, необходимую для подготовки годового отчета.
Годовой отчет подлежит размещению на официальном сайте Правительства области в сети Интернет в срок до 1 марта года, следующего за отчетным.
Кроме того, Департамент по охране, контролю и регулированию использования объектов животного мира области осуществляет организацию контроля за реализацией Программы, вносит в установленном порядке предложения по ее уточнению, осуществляет контроль за обеспечением Программы финансовыми ресурсами, координирует работу исполнителей, рассматривает вопросы, возникающие в ходе реализации Программы, заслушивает отчеты ее участников, контролирует сроки ее исполнения, целевое использование выделяемых средств.
Департамент по охране, контролю и регулированию использования объектов животного мира области и Департамент финансов области организуют проверки хода реализации Программы, целевого использования выделенных бюджетных средств.