Контроль за реализацией Программы осуществляется департаментом здравоохранения области и первым заместителем Губернатора области, курирующим отрасль "Здравоохранение".
Для обеспечения мониторинга и контроля за ходом реализации Программы руководитель Программы ежеквартально представляет первому заместителю Губернатора области, курирующему отрасль "Здравоохранение", а в копии - департаменту экономики Правительства области, контрольно-аналитическому управлению Правительства области, информацию о выполнении мероприятий Программы, содержащую анализ положительных результатов, а также причины недостатков и нерешенных проблем. Кроме того, представляется аналитическая информация в сроки, установленные Правительством области.
Текущее управление и координацию исполнения мероприятий Программы осуществляет департамент здравоохранения области путем организации системы автоматизированного учета движения лекарственных средств и мониторинга качества лекарственного обеспечения населения.
Система контроля за ходом реализации Программы включает:
экспертизу и сопровождение государственных контрактов;
внутриведомственный контроль;
проверки с участием представителей других органов.