Текущее управление реализацией Программы осуществляет департамент здравоохранения области. Руководитель департамента здравоохранения области является руководителем Программы и несет ответственность за реализацию и конечные результаты Программы, рациональное использование выделенных финансовых средств.
Реализация Программы осуществляется на основе государственных контрактов (договоров) на закупку и поставку товаров и услуг для областных государственных нужд, заключаемых департаментом здравоохранения области с организациями, определяемыми на конкурсной основе в соответствии с действующим законодательством.
В целом механизм реализации состоит из нескольких этапов, которые включают определение потребности и организацию закупок лекарственных средств, учет и мониторинг бесплатного лекарственного обеспечения населения, осуществление контроля за обоснованностью назначения и потребления лекарственных средств.
Выделяемые бюджетные средства используются для централизованных конкурсных закупок необходимых лекарственных средств. Закупленные лекарственные средства областной уполномоченный аптечный склад передает в уполномоченные аптеки по их заявкам. Отпуск лекарственных средств амбулаторным больным осуществляется из уполномоченных аптек по рецептам, выписанным лечебно-профилактическими учреждениями.