Контроль за ходом реализации Программы осуществляется департаментом сельского хозяйства области - государственным заказчиком (заказчиком - координатором) и первым заместителем Губернатора области, курирующим агропромышленный комплекс области.
Для обеспечения контроля за ходом реализации Программы руководитель Программы ежеквартально до 20 числа месяца, следующего за отчетным кварталом, представляет первому заместителю Губернатора области, курирующему агропромышленный комплекс, а в копии - департаменту экономики Правительства области, информацию о выполнении Программы.