Управление Программой осуществляет Министерство образования и науки Республики Северная Осетия - Алания, исполняющее функции государственного заказчика Программы, которое совместно с финансово-кредитными, страховыми учреждениями обеспечивает реализацию программных мероприятий в установленные сроки, а также контроль за целевым использованием средств, выделенных на реализацию Программы.
Государственный заказчик Программы ведет мониторинг реализации Программы, ежеквартально информирует Министерство экономического развития Республики Северная Осетия - Алания о ходе реализации Программы, а также о выполнении намеченных целевых индикаторов и показателей реализации Программы.
Контроль за ходом исполнения Программы осуществляет государственный заказчик Программы, который по итогам года готовит информацию о ходе реализации Программы в Правительство Республики Северная Осетия - Алания.