Одной из экологических проблем в области продолжает оставаться загрязнение водных объектов, относящихся к бассейну р. Волга. Мониторинговые исследования за качеством воды в водных объектах Костромской области проводится государственным учреждением "Костромской областной центр по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды". Согласно этим исследованиям в водных объектах Костромской области отмечается превышение в воде предельно допустимой концентрации (далее - ПДК) по 5 ингредиентам (окисляемость бихроматная, биологическое потребление кислорода, азот аммонийный, азот нитритный, железо общее). Критических показателей загрязненностей воды в наблюдаемых створах рек Кострома, Нерехта, Векса, Меза, Унжа, Вига, Межа, Нея, Горьковского водохранилища в последние годы не отмечается. В последние годы качество воды Горьковского водохранилища (г. Кострома) характеризовалось 3 классом качества разряд "Б" - очень загрязненная. Как очень загрязненная оценена вода в реках: Кострома (г. Буй), Векса (г. Буй), Меза (д. Ямково), Немда (с. Селище), Нея (д. Буслаево). Качество воды р. Унжа (г. Мантурово), р. Нерехта (г. Нерехта), р. Вига (с. Серебряный Брод), р. Межа (д. Загатино) характеризовалось 3 классом качества разряда "А" - загрязненная.
В озеро Чухломское организованный сброс сточных вод отсутствует. Негативное влияние на гидрохимический режим озера может оказывать поверхностный сток сельхозугодий. Качество воды характеризовалось 3 классом качества разряда "А" - загрязненная. Озеро Галичское подвергается более сильному антропогенному воздействию, качество воды в течение нескольких лет характеризуется 3 классом качества разряда "А" (загрязненная).
Одной из главных причин неудовлетворительного положения с загрязнением водных объектов является состояние и объемы сбрасываемых сточных вод. Основными загрязняющими веществами, сбрасываемыми в водоемы, являются взвешенные вещества, нефтепродукты, азотсодержащие вещества, СПАВ. Превышения гигиенических нормативов по содержанию солей тяжелых металлов, пестицидов не установлено. Качество воды водоемов в местах рекреации и стационарных точках в 21,6% случаев не отвечает санитарно-гигиеническим требованиям по микробиологическим показателям, что требует проведения мероприятий. В числе причин сброса недостаточно очищенных сточных вод - неудовлетворительная эксплуатация морально и физически устаревших и несоответствующих по своей мощности и объему сброса сточных вод очистных сооружений, самовольные врезки застройщиков в систему ливневой канализации и организация сброса ливневых стоков в водоемы без очистки, слабый производственный контроль.
В районах, где содержание железа из подземных водоисточников значительно превышает гигиенический норматив, установлены станции обезжелезивания:
Костромской район - п. Сухоногово, Шувалово, Яковлевское, д. Башутино
Сусанинский район - п. Сусанино
Красносельский район - п. Красное-на-Волге
г. Волгореченск и г. Чухлома.
Внедряются новые технологии водоочистки на предприятиях водоподготовки в пос. Красное-на-Волге, Сусанино, Костромском районе.
В 2009 году объем сбрасываемых сточных вод уменьшился на 161,29 млн. куб. м, снижение составляет 9,5% по сравнению с 2008 годом, но наблюдается увеличение объема сбрасываемых сточных вод по бассейну р. Кострома за счет предприятия ООО "Жилкомсервис", г. Буй вследствие пересмотра норм водопотребления и водоотведения, а также установки водоизмерительной аппаратуры на заборе воды и сбросе сточных вод.
В то же время увеличился в целом по области объем сброса нормативно-очищенных сточных вод на 1,31 млн. куб. м, что составляет 18,14% по сравнению с 2008 годом. Улучшение очистки сточных вод наблюдается по Горьковскому водохранилищу, по бассейну р. Кострома. По Горьковскому водохранилищу сброс нормативно-очищенных сточных вод увеличился за счет МУП "Коммунальщик", г. Волгореченск.
В числе причин сброса недостаточно очищенных сточных вод - неудовлетворительная эксплуатация морально и физически устаревших и несоответствующих по своей мощности и объему сброса сточных вод очистных сооружений, самовольные врезки застройщиков в систему ливневой канализации и организация сброса ливневых стоков в водоемы без очистки, слабый производственный контроль.