Муниципальные образования Воронежской области принимают участие в реализации основных мероприятий подпрограммы.
Органы местного самоуправления муниципальных образований на основании соглашений между правительством Воронежской области и организациями, осуществляющими деятельность на территории муниципальных образований и выполняющих механизм распределения дополнительных налоговых отчислений от своей деятельности на территории Воронежской области в областной бюджет, ежегодно утверждают мероприятия, направленные на социально-экономическое и инфраструктурное развитие муниципальных образований.
Утвержденные мероприятия, направленные на социально-экономическое и инфраструктурное развитие муниципальных образований, представляются в департамент экономического развития Воронежской области, департамент финансов Воронежской области.