Основными проблемами в сфере информатизации Новгородской области являются:
отсутствие подключения к информационно-телекоммуникационной инфраструктуре электронного правительства Новгородской области всех органов исполнительной власти области и подведомственных им государственных учреждений, предоставляющих государственные услуги (функции);
низкий процент автоматизации деятельности органов исполнительной власти области по предоставлению государственных услуг (функций);
отсутствие инфраструктуры ситуационного центра Губернатора Новгородской области;
низкий процент государственных услуг, предоставляемых через единый портал;
необходимость постоянной актуализации информации, размещаемой на официальных сайтах органов исполнительной власти области, в связи с совершенствованием федерального и областного законодательства;
низкий уровень участия населения в процессах управления регионом с использованием информационно-телекоммуникационных технологий;
необходимость реализации комплекса мер по усилению информационной безопасности информационной инфраструктуры электронного правительства Новгородской области в связи с увеличением объемов персональных данных, обрабатываемых в региональных информационных системах;
низкий уровень использования электронной подписи государственными гражданскими служащими при подготовке электронных документов.