1. Подпрограмма "Развитие лесного хозяйства Курганской области".
Определяет цели, задачи и основные направления развития лесного хозяйства в сфере использования, охраны, защиты и воспроизводства лесов Курганской области, механизмы реализации мероприятий и показатели оценки их результативности. Направлена на формирование условий социально-экономического развития Курганской области в части обеспечения инновационного уровня использования, охраны, защиты и воспроизводства лесов при безусловном сохранении их глобальной экологической значимости.
2. Подпрограмма "Развитие и использование минерально-сырьевой базы Курганской области".
Направлена на последовательное воспроизводство (развитие) минерально-сырьевой базы Курганской области путем проведения геолого-разведочных работ за счет различных источников финансирования, эффективное и рациональное использование минерально-сырьевой базы, на охрану недр. Содержит три направления: I - развитие минерально-сырьевой базы (геолого-разведочные работы); II - использование минерально-сырьевой базы; III - охрана недр.
3. Подпрограмма "Развитие водохозяйственного комплекса Курганской области".
Направлена на повышение защищенности населения и объектов экономики от наводнений и другого негативного воздействия вод за счет реализации комплексных мероприятий по приведению гидротехнических сооружений, находящихся в неудовлетворительном и опасном состоянии, к технически безопасному уровню, обеспечения населенных пунктов и объектов экономики сооружениями инженерной защиты.
4. Подпрограмма "Использование и охрана водных объектов Курганской области".
Направлена на прогнозирование развития негативных процессов на водных объектах Курганской области и осуществление мер по их охране.
5. Подпрограмма "Охрана и развитие государственных природных заказников Курганской области".
Мероприятия решают вопросы развития и поддержания на территории Курганской области сети государственных природных заказников регионального значения, в том числе сохранения и увеличения численности объектов животного мира, обитающих на территории заказников; обеспечения охраны объектов животного мира, среды их обитания и мониторинга охотничьих ресурсов на территории заказников.
6. Подпрограмма "Охрана и воспроизводство объектов животного мира Курганской области".
Направлена на обеспечение рационального и эффективного использования объектов животного мира с целью удовлетворения текущих и перспективных потребностей экономики, воспроизводства и охраны окружающей среды, создания в этой сфере благоприятных условий для проживания населения Курганской области.
7. Подпрограмма "Охрана окружающей среды Курганской области".
Включает мероприятия по снижению негативного воздействия на окружающую среду, созданию эффективной системы обращения с отходами, ликвидации объектов накопленного экологического ущерба, сохранению биологического разнообразия и развитию сети особо охраняемых природных территорий, развитию экологического просвещения, осуществлению государственного экологического надзора.