С учетом цели и задач государственной программы выделяются следующие подпрограммы:
Подпрограмма 1. "Сохранение биоразнообразия и развитие особо охраняемых природных территорий Иркутской области" на 2014 - 2020 годы - направлена на обеспечение устойчивого развития экологически значимых природных комплексов и сохранение биологического разнообразия Иркутской области.
(в ред. Постановления Правительства Иркутской области от 18.11.2016 N 747-пп)
Подпрограмма 2. "Отходы производства и потребления в Иркутской области" на 2014 - 2020 годы - направлена на снижение негативного влияния отходов на состояние окружающей среды и удовлетворение потребности в строительстве полигонов твердых коммунальных отходов в Иркутской области.
(в ред. Постановлений Правительства Иркутской области от 18.12.2015 N 656-пп, от 18.11.2016 N 747-пп)
Подпрограмма 3. "Развитие водохозяйственного комплекса в Иркутской области" на 2014 - 2020 годы - направлена на обеспечение защищенности населения и объектов экономики от наводнений и иного негативного воздействия вод и восстановление водных объектов до состояния, обеспечивающего экологически благоприятные условия жизни населения.
(в ред. Постановления Правительства Иркутской области от 18.11.2016 N 747-пп)
Подпрограмма 4. "Охрана, защита и воспроизводство лесов Иркутской области" на 2014 - 2020 годы - направлена на создание условий для повышения эффективности охраны, защиты, воспроизводства, а также рационального многоцелевого и неистощительного использования лесов при сохранении их экологических функций и биологического разнообразия Иркутской области.
(в ред. Постановления Правительства Иркутской области от 15.06.2018 N 444-пп)
Подпрограмма 5. "Защита окружающей среды в Иркутской области" на 2014 - 2020 годы - направлена на повышение качества окружающей среды и улучшение экологической обстановки на территории Иркутской области.
(в ред. Постановления Правительства Иркутской области от 18.11.2016 N 747-пп)
Подпрограмма 6. "Государственное управление в сфере охраны окружающей среды Иркутской области" на 2014 - 2020 годы - направлена на обеспечение организационных, информационных и методических условий в сфере сохранения, защиты природной среды и обеспечения экологической безопасности.
(в ред. Постановления Правительства Иркутской области от 18.11.2016 N 747-пп)
Подпрограмма 7. "Государственное управление в сфере лесного хозяйства Иркутской области" на 2014 - 2020 годы - направлена на осуществление эффективного государственного управления в сфере лесного хозяйства.