Несмотря на достигнутые положительные результаты, в анализируемой сфере имеется ряд проблем, сдерживающих дальнейшее развитие:
1. Замедление темпов инвестиционной активности хозяйствующих субъектов.
Низкие темпы инвестиционной активности не формируют достаточной базы для сохранения достигнутых темпов экономического роста. Среди факторов, негативно влияющих на динамику привлечения инвестиций необходимо выделить:
недостаточно развитая инфраструктура, в том числе инвестиционная и инновационная;
не завершен процесс формирования нормативно-правовой базы, обеспечивающий защиту интересов инвесторов и оказание необходимой государственной поддержки, в том числе на принципах государственно-частного партнерства;
отсутствие целенаправленной информационной политики по инвестиционному продвижению региона.
2. Преобладание сырьевой составляющей в динамике роста промышленного производства.
Выход на проектную мощность производств, связанных с нефтедобычей, накладывает серьезные ограничения на перспективы дальнейшего роста объемов промышленного производства.
3. Низкие темпы создания и внедрения инноваций.
Несмотря на высокий научный потенциал, уровень развития инновационной деятельности данному потенциалу не соответствует. Отражением данного факта является рейтинг инновационной активности регионов, ежегодно проводимый Национальной ассоциацией инноваций и развития информационных технологий (НАИРИТ). Так, в рейтинге 2012 года Иркутская область попала в группу "Умеренная инновационная активность" и заняла 48 место, поднявшись на четыре строчки по сравнению с 2011 годом.
Согласно официальным статистическим данным, доля затрат на инновации в валовом региональном продукте (ВРП) Иркутской области в настоящее время составляет чуть более 1,5%, доля отгруженной инновационно-активными предприятиями продукции, в последние годы колеблется на уровне 3%.
Низкая доля инноваций в ВРП Иркутской области во многом определяется специализацией научно-исследовательского комплекса в области фундаментальных исследований и наук о земле, где коммерциализация результатов инновационной деятельности связана с большими затратами, а также структурой промышленности, в которой преобладают сырьевые отрасли с низкой добавленной стоимостью. Указанная специфика научно-производственного комплекса наряду с такими особенностями инновационной деятельности как высокая стоимость, риски, длительная окупаемость нововведений обуславливают недостаток инновационных проектов, предлагаемых научными организациями и хозяйствующими субъектами Иркутской области.
В настоящее время в области до конца не сформирована система финансовой, технической и организационной поддержки инноваций от идеи и опытного образца до готовой технологии и продукта.
Одной из проблем развития инновационной сферы Иркутской области является недостаток управленческих и организационных компетенций, знаний в области маркетинга инноваций у разработчиков и руководителей малых инновационных предприятий.