К основным рискам реализации подпрограммы относятся:
природно-климатические риски, обусловленные тем, что колебания погодных условий оказывают серьезное влияние на урожайность сельскохозяйственных культур, объемы их производства, что может значительно повлиять на степень достижения прогнозируемых показателей. Зависимость отрасли от природно-климатических условий также снижает ее инвестиционную привлекательность. Для снижения рисков от природно-климатических условий необходимы переход к новым технологиям, техническая модернизация, мелиорация земель в засушливых зонах, принятие дополнительных мер поддержки в особо неблагоприятные по природно-климатическим условиям годы;
макроэкономические риски, обусловленные неблагоприятной конъюнктурой мировых цен и снижением темпов роста экономики и уровня инвестиционной активности, которые не позволят интенсифицировать развитие отраслей растениеводства и переработки, усилят зависимость их развития от государственных инвестиций. В результате негативных макроэкономических процессов может снизиться спрос на продукцию растениеводства и продуктов их переработки;
торгово-политические риски, обусловленные функционированием аграрного сектора в увязке с ситуацией на международных рынках и существенным возрастанием конкуренции в результате вступления страны во Всемирную торговую организацию;
законодательные риски, выражающиеся в ограничении возможности сельскохозяйственным организациям использовать землю в качестве предмета залога и не позволяющие сельскохозяйственным товаропроизводителям привлекать финансовые ресурсы на реальных рыночных условиях.