Управление реализацией Программы осуществляется Министерством здравоохранения Республики Калмыкия, Центром госсанэпиднадзора в Республике Калмыкия. Министерство здравоохранения Республики Калмыкия совместно с Центром госсанэпиднадзора в Республике Калмыкия ежегодно отчитываются в Правительстве Республики Калмыкия о ходе реализации Программы и дальнейшей целесообразности продолжения работ и финансирования.