Для организации оперативного управления реализацией программы функции государственного заказчика возлагаются на Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Калмыкия, которое готовит два раза в год Президенту Республики Калмыкия и ежеквартально Правительству Республики Калмыкия информацию о ходе ее реализации. (в редакции Указа Главы Республики Калмыкия от 20.03.2006 г. N 48 НГР ru08000200600043)
Министерство и научные учреждения, привлекаемые к выполнению программы, разрабатывают ежегодно планы мероприятий по ее реализации.
Районные муниципальные образования, сельскохозяйственные предприятия отражают объемы работ по программе в производственно-финансовых планах на текущий год и годовых отчетах о ходе ее выполнения.