Структура ИАС Паспорт МО состоит из следующих подсистем и программных модулей:
- подсистема централизованного хранилища данных (далее - ЦХД);
- подсистема контроля данных;
- учетная подсистема;
- подсистема межведомственного обмена;
- подсистема администрирования;
- подсистема обмена сообщениями;
- подсистема создания отчетов;
- аналитическая подсистема;
- подсистема портала.
Дополнительные программные модули и подсистемы могут быть интегрированы в ИАС Паспорт МО в рамках модернизации и развития ИАС Паспорт МО.