Охранная зона памятника природы озера Большой Бугодак расположена на территории Верхнеуральского муниципального района. Граница охранной зоны озера Большой Бугодак определена расстоянием от границы памятника природы озера Большой Бугодак не менее 50 м и колеблется от 50 до 600 м.
Общая протяженность границы охранной зоны памятника природы озера Большой Бугодак составляет 12,98 км. Площадь охранной зоны памятника природы озера Большой Бугодак составляет 319,70 га.