Водное хозяйство Сахалинской области чрезвычайно велико. На островах располагается порядка 17 тыс. озер и около 65 тыс. рек и ручьев. Поэтому дефицита воды в области не предвидится, за исключением отдельных мелких островов, на которых нет постоянных водотоков. Тем не менее в районах развитой промышленности и сельского хозяйства проблема существует, и не столько с дефицитом воды, сколько с загрязнением водоемов. При этом основная антропогенная нагрузка ложится на реки Тымь, Поронай, Лютога, Сусуя, Лопатинка, Углегорка, Охинка, Найба, Бол. Александровка. Объясняется это тем, что перечисленные реки являются не только источниками водоснабжения, но и приемниками промышленных, сельскохозяйственных и бытовых стоков. Страдают и более мелкие реки, находящиеся вблизи населенных пунктов и вдоль дорог. На их берегах нередки несанкционированные свалки, берега захламляются всевозможными отбросами, вырубается прибрежная растительность, что ведет к нарушению водного баланса, оскудению мира животных и снижению рекреативных функций. Рост санитарно-химических показателей наблюдается в Корсаковском, Невельском и Холмском городских округах. Наиболее при этом страдают рыбные ресурсы и связанные с ними популяции норки и выдры.
Забор воды из поверхностных источников по области в целом невелик и составляет 61 - 63 млн. куб. м при тенденции к сокращению, что объясняется снижением численности населения и упадком сельскохозяйственного производства. В то же время на водоемы увеличивается техногенная нагрузка из-за неразвитости очистных сооружений и строительства на берегах водоемов промышленных и бытовых объектов и сооружений.
В целом водопользование пока ощутимого влияния на охотничью фауну и охотничьи угодья не оказывает, и в ближайшей перспективе больших изменений ситуации не предвидится.