Островное положение области автоматически влечет за собой видовое обеднение фауны по сравнению с прилегающей частью материка. Однако разнообразие ландшафтов создает на описываемой территории благоприятные условия для жизни многих видов животных. В то же время отличие экологических условий южной части о. Сахалин от северной и различия южных, средних и северных Курил обуславливают различия в численности и видовом составе животных. В целом фауна северного Сахалина имеет сходство (и общее происхождение) с фауной близлежащей части материка, фауна северных Курильских островов - с п-овом Камчатка, а фауна южного Сахалина и южных Курил - с фауной японского о. Хоккайдо. Особенностью, важной для охотничьего хозяйства, является то, что на территории области проходят границы естественных ареалов многих видов животных, что обуславливает фрагментацию очагов их обитания.
Всего на территории области отмечено 90 видов млекопитающих (56 видов населяют сушу, 34 вида - морские животные), птиц - более 370; пресмыкающихся - 7; земноводных - 5; пресноводных и проходных рыб - 38; круглоротых - 2; более 1000 видов беспозвоночных животных. Постоянно уточняются списки видов животных, описываются новые виды беспозвоночных, дополняются сведения по распространению.
Для пополнения охотничье-промысловой фауны немало видов интродуцировано - итатси, ондатра, енотовидная собака, американская и европейская норка, лось, изюбр, черношапочный сурок, кабан, канадский бобр. Часть из них прочно вошла в состав основной фауны, имеет промысловое значение. Кабан, канадский бобр на о. Сахалин не прижились, итатси последние 15 лет не отмечается. Ряд видов, таких как крыса-пасюк, черная крыса, домовая мышь, полевка-экономка, красно-серая полевка, продолжают свое расселение по островам.
На естественное распространение животных накладываются факторы антропогенного происхождения (рубки леса, пожары, техногенное воздействие, прокладка продуктопроводов и автомагистралей...), еще более усложняющие распределение видов по территории.
Преимущественно причинами антропогенного происхождения обусловлено и то, что в Красную книгу Сахалинской области (2000 г.) были включены 18 видов/подвидов млекопитающих, 105 - птиц, 4 - рептилий, 7 - рыб, 10 - насекомых, 18 - моллюсков и 6 видов ракообразных. В их число вошли все виды редких животных, встречающихся на территории Сахалинской области, виды, редкие для Дальневосточного региона, а также новые, недавно описанные, распространение и численность которых неизвестны. Все они обитают в охотничьих угодьях или вблизи них, что требует знания этих животных и соответствующего отношения. Постановлением Правительства Сахалинской области N 240 от 23 июня 2011 г. количество "краснокнижных" видов изменилось. Млекопитающих стало 14, птиц - 98, рептилий - 4, рыб - 7, насекомых - 13, моллюсков - 20 и 6 видов ракообразных. Из Красной книги выведены росомаха, рысь, итатси, голубой песец (о-в Ушишир), десять видов птиц.
Представителями редких животных, присутствие которых прямо связано с ведением охотничьего хозяйства и поголовье которых может зависеть от охотников, являются: сахалинская кабарга, европейская норка (Кунашир, Итуруп), северный олень (восточная группировка центрального Сахалина), каменный глухарь, дикуша, японский перепел, ряд птиц из отряда гусеобразных, соколообразных, ржанкообразных, совообразных.
По сведениям Министерства лесного и охотничьего хозяйства области, полученным по результатам зимнего маршрутного учета (ЗМУ), численность редких наземных млекопитающих и птиц невелика и у ряда видов постоянно сокращается. Основная причина - антропогенное влияние на среду обитания животных.
Сахалинской кабарги очень мало, потому что условия обитания не являются благоприятными. По данным ЗМУ последних лет, численность существенно не изменялась: 70-е годы - 800 особей, начало 80-х - 650, по данным ЗМУ 2008 г. - 799, 2009 г. - 1056, 2010 г. - 1825, 2011 г. - 1905.
Дикуша при учете на севере Сахалина отмечена единично. Вряд ли общая численность популяции превышает 1000 особей.
Численность глухарей в 2004 г. составила 112 особей. Основное поголовье в Охинском и Ногликском районах. По мнению министерства, в последние годы численность завышается (2011 г. - 6124).
По данным 2005 г., численность дикого северного оленя составляет 2900 особей.
Фауна островов очень уязвима, исчезновение животных в результате антропогенного воздействия происходит чаще и быстрее, чем на материке (Доклад... 2008).
Остальные редкие виды фауны области прямого отношения к охотничьему хозяйству практически не имеют.
В пределах области много млекопитающих, образ жизни которых связан с морем. Это морской котик, сивуч, калан, несколько видов нерп, киты зубастые и усатые. В связи с тем, что указанные животные считаются "водными биологическими ресурсами" и "проходят по ведомству" Росрыболовства, в настоящей работе они не рассматриваются.