Для реализации Государственной программы предусматривается заключение соглашений с Федеральным агентством водных ресурсов о предоставлении субсидий из федерального бюджета бюджету субъекта Российской Федерации на строительство и реконструкцию сооружений инженерной защиты, капитальный ремонт гидротехнических сооружений, восстановление и экологическую реабилитацию водных объектов.