Подготовке и повышению квалификации фармацевтических и медицинских кадров в регионе отводится первостепенное место. Курсы повышения квалификации организованы на базе ЯГМА.
Организованный в 1982 году фармацевтический факультет ЯГМА готовит провизоров по специальности "060108 - "Фармация" для Российской Федерации и стран СНГ, а также для зарубежных стран (Сирийской Арабской Республики, Иордании, Королевства Марокко, Туниса и других). С 2002 года на фармацевтическом факультете ЯГМА организована заочная форма обучения по специальности "060108 - "Фармация". Прием на первый курс осуществляется для лиц, имеющих среднее профессиональное образование, а также для лиц, имеющих высшее образование (для получения второго высшего образования). Обучение проводится на бюджетной (10 человек) и договорной (коммерческой) основе (до 80 человек). Срок обучения - 5,5 года с ежегодной учебно-экзаменационной сессией.
На фармацевтическом факультете ЯГМА активно проводится работа по повышению квалификации специалистов с высшим и средним фармацевтическим образованием.
В постоянном режиме осуществляются курсы повышения квалификации фармацевтических работников по специальностям: управление и экономика фармации, фармацевтическая химия и фармакогнозия, фармацевтическая технология. Проводятся тематические усовершенствования знаний и умений медицинских и фармацевтических работников по следующим направлениям:
- организация отпуска, хранения и контроля качества лекарственных средств;
- организация деятельности, связанной с оборотом наркотических средств и психотропных веществ;
- рациональная фармакотерапия внутренних болезней с основами клинической фармакологии.
Ежегодно для повышения квалификации работникам системы здравоохранения предоставляется 50 мест на бесплатной основе.
С 2012 года в ЯГМА организован факультет среднего профессионального и довузовского образования. На указанном факультете осуществляется учебный процесс по программам среднего профессионального образования по специальностям "060301 - "Фармация" и "060604 - "Лабораторная диагностика".
Кроме того, на базе государственного образовательного учреждения среднего профессионального образования Ярославской области "Ярославский медицинский колледж" в соответствии с утвержденными учебными программами осуществляется обучение медицинских работников по вопросам организации розничной торговли лекарственными препаратами в учреждениях здравоохранения сельских поселений. Дополнительное профессиональное образование получили 303 медицинских работника, которые будут осуществлять розничную торговлю лекарственными средствами в ФАП.