На реализацию ФАИП в Сахалинской области предусматривается выделение средств из федерального бюджета на реализацию 42 проектов - 14,5 млрд. рублей:
в 2013 году - 9,3 млрд. рублей;
в 2014 году - 3,6 млрд. рублей;
в 2015 году - 1,6 млрд. рублей.
В рамках ФАИП запланирована реализация федеральных целевых программ: "Экономическое и социальное развитие Дальнего Востока и Забайкалья на период до 2013 года", "Социально-экономическое развитие Курильских островов (Сахалинская область) на 2007 - 2015 годы", "Сохранение и восстановление плодородия почв земель сельскохозяйственного назначения и агроландшафтов как национального достояния России на 2006 - 2010 годы и на период до 2013 года", "Повышение эффективности использования и развитие ресурсного потенциала рыбохозяйственного комплекса в 2009 - 2014 годах", "Развитие транспортной системы России (2010 - 2015 годы)", Федеральная целевая программа развития образования на 2011 - 2015 годы, "Модернизация Единой системы организации воздушного движения Российской Федерации (2009 - 2015 годы)", "Снижение рисков и смягчение последствий чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера в Российской Федерации до 2015 года", "Повышение устойчивости жилых домов, основных объектов и систем жизнеобеспечения в сейсмических районах Российской Федерации на 2009 - 2014 годы".