Управление Программой, обеспечение межведомственного взаимодействия, координацию деятельности исполнителей по осуществлению мероприятий Программы и контроль за ходом ее реализации в соответствии с постановлением Правительства автономного округа осуществляет департамент социальной защиты населения автономного округа путем сравнительного анализа отчетов о ходе реализации мероприятий Программы, которые представляются ежеквартально в адрес департамента социальной защиты населения автономного округа, и мероприятий, запланированных в рамках Программы, сверки с копиями государственных контрактов, платежных документов. Ежеквартально отчет об итогах выполнения Программы представляется департаментом социальной защиты населения автономного округа в адрес заместителя Губернатора автономного округа.
В целях финансового контроля за ходом реализации настоящей Программы управлением финансового контроля департамента финансов автономного округа запланировано осуществление ежегодного контроля за целевым и эффективным использованием денежных средств, выделенных Фондом поддержки детей, находящихся в трудной жизненной ситуации, на реализацию мероприятий настоящей Программы.
Вопросы хода реализации и промежуточных итогов выполнения Программы, оптимальности управленческих решений, принимаемых для повышения эффективности реализации мероприятий, системы межведомственного взаимодействия исполнителей Программы планируется ежегодно, при необходимости два раза в год, рассматривать на заседаниях координационного совета по семейной и демографической политике.