Реализация мероприятий подпрограммы осуществляется в условиях наличия определенных рисков, в основном связанных с недостаточным финансированием подпрограммы.
Нерешенность хотя бы одной из задач подпрограммы повлечет невыполнение государственных задач, стоящих перед системой здравоохранения, в том числе отрицательно воздействует на обеспечение доступности первичной медико-санитарной помощи и сохранение эпидемиологического благополучия в республике.
На минимизацию рисков направлены меры по планированию мероприятий и мониторингу их реализации.