Реализация мероприятий подпрограммы осуществляется в условиях наличия определенных рисков, среди которых следует отдельно выделить риски, связанные с недостаточным финансированием подпрограммы. Отсутствие или недостаточное финансирование мероприятий подпрограммы не позволит достичь поставленных целей по повышению доступности и качества медицинской помощи женщинам и детям, улучшению состояния здоровья детей и матерей, снижению материнской, младенческой и детской смертности.
Преодоление рисков может быть осуществлено путем сохранения устойчивого финансирования отрасли, а также путем дополнительных организационных мер, направленных на преодоление данных рисков.
Остальные виды рисков связаны со спецификой целей и задач подпрограммы, и меры по их минимизации будут предприниматься в ходе оперативного управления.