Основными принципами формирования Схемы служат:
принцип преемственности - разработанная Схема построена с учетом существующей сети ООПТ;
принцип приоритетов - приоритетом Схемы является охрана редких и исчезающих видов растений, животных и среды их обитания, выделение и охрана мест массового произрастания хозяйственно-ценных видов растений, путей миграции и мест концентрации ценных видов животных;
ландшафтный принцип (принцип комплексности) - границы ООПТ выделяются на ландшафтной основе: выделяются территории, представляющие собой единый естественно сложившийся природный комплекс;
принцип разумной достаточности - максимальная площадь ООПТ или их сети определяется потребностью сохранения оптимального числа особей охраняемого вида, необходимого для успешного воспроизводства;
принцип гибкости режимов охраны - введение обоснованного режима особой охраны в пределах, необходимых для выполнения природоохранных задач;
принцип поэтапного формирования - Схема формируется и реализуется поэтапно с учетом экономического и социального развития территории, возможностей финансирования работ по созданию ООПТ и готовности проектной документации; формирование Схемы начинается с выделения основных элементов, которые затем дополняются второстепенными и вспомогательными объектами;
принцип постоянного совершенствования - Схема подлежит изменению и совершенствованию по мере появления дополнительных научных исследований, накопления и анализа информации, внесения изменений в нормативные правовые акты.
Выбор территорий, перспективных для создания ООПТ, осуществлялся на основе результатов полевых исследований, данных о распространении редких и исчезающих видов животных и растений, на основе географического анализа путей миграции и мест концентрации ценных в хозяйственном отношении животных и растений, анализе программ социально-экономического развития края и схемы территориального планирования Алтайского края.
Географический анализ, выделение территорий и площадей планируемых ООПТ осуществлялся с помощью геоинформационной системы MAPINFO на базе цифровой топографической основы.