Город Черногорск включен в федеральный перечень монопрофильных населенных пунктов.
Основным видом экономической деятельности муниципального образования является добыча топливно-энергетических полезных ископаемых (добыча каменного угля). Его удельный вес в объеме промышленного производства составляет более 80%. ООО "СУЭК-Хакасия" является ведущим предприятием.
Черногорск находится в двух километрах от федеральной трассы М-54 Кызыл - Красноярск. Промышленная зона города связана с веткой Абакан - Черногорские копи Восточно-Сибирской железной дороги. Вблизи Черногорска ведется строительство автодороги Абакан - Кемерово и начато строительство железнодорожной ветки Курагино - Кызыл.