Перечень подпрограмм установлен для достижения целей и решения задач, определенных основополагающими документами в области охраны окружающей среды и воспроизводства возобновляемых природных ресурсов.
Структура и перечень подпрограмм соответствуют принципам программно-целевого управления экономикой, охватывают все основные сферы охраны окружающей среды и природных ресурсов, а также управление реализацией Государственной программы.