3.1. Департамент возглавляет начальник, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Губернатором Корякского автономного округа по результатам конкурса или из резерва кадров. В период отсутствия начальника департамента руководство осуществляет его заместитель.
3.2. Начальник департамента:
3.2.1. непосредственно подчиняется Губернатору Корякского автономного округа;
3.2.2. вносит в установленном порядке на рассмотрение Губернатора Корякского автономного округа проекты нормативных актов по вопросам, входящим в компетенцию департамента;
3.2.3. утверждает смету расходов на содержание аппарата управления;
3.2.4. подписывает в установленном порядке соглашения по вопросам привлечения кредитов, а также предоставления по ним гарантий окружного бюджета;
3.2.5. осуществляет другие полномочия в соответствии с законодательством Российской Федерации и Корякского автономного округа.
3.3. Департамент реорганизуется и ликвидируется в установленном действующим законодательством порядке.