Общий контроль за реализацией мероприятий программы осуществляет правительство Еврейской автономной области.
Правительство Еврейской автономной области назначает персонального руководителя программы - заместителя председателя правительства Еврейской автономной области – председателя комитета социальной защиты населения правительства Еврейской автономной области, отвечающего за её реализацию. Правительством Еврейской автономной области утверждается состав рабочей группы (представители органов государственной власти, специалисты государственных бюджетных учреждений и общественных организаций инвалидов), который будет осуществлять контроль за обеспечением целевого и эффективного использования финансовых средств.
Текущее управление реализацией программы осуществляется комитетом социальной защиты населения правительства Еврейской автономной области, которым обеспечивается целевое использование бюджетных средств, организацию и проведение конкурсов на выполнение работ и оказание услуг в соответствии с программными мероприятиями и действующим законодательством.
Комитет социальной защиты населения правительства Еврейской автономной области представляет в управление экономики правительства Еврейской автономной области ежеквартальные и годовые отчеты о ходе и результатах реализации программы.
В соответствии со сроками, установленными Фондом, комитет социальной защиты населения правительства Еврейской автономной области представляет отчеты об использовании финансовых средств и аналитические отчеты о ходе реализации программы по утвержденным Фондом формам.