В соответствии с возложенными на него задачами и функциями Министерство имеет право:
4.1. Запрашивать и получать необходимую информацию по вопросам, относящимся к его компетенции, от федеральных органов исполнительной власти, исполнительных органов государственной власти Карачаево-Черкесской Республики, органов местного самоуправления и организаций независимо от их организационно-правовой формы.
4.2. Готовить, согласовывать и представлять в установленном порядке проекты нормативных правовых актов и других документов по вопросам, отнесенным к компетенции Министерства.
4.3. В установленном порядке участвовать в разработке проектов соглашений, договоров Карачаево-Черкесской Республики с другими субъектами Российской Федерации, федеральными органами исполнительной власти, хозяйствующими субъектами по вопросам, находящимся в ведении Министерства, а также выполнять обязательства Карачаево-Черкесской Республики по данным соглашениям (договорам) в пределах компетенции Министерства.
4.4. Осуществлять контроль в пределах своей компетенции за исполнением нормативных правовых актов государственными органами республики, органами местного самоуправления, предприятиями, организациями, учреждениями, гражданами - предпринимателями без образования юридического лица.
4.5. Выступать, представлять интересы по вопросам, находящимся в ведении Министерства, в правоохранительных органах, в судах общей юрисдикции, арбитражных и третейских судах, иных государственных органах, органах местного самоуправления.
4.6. Вносить в установленном порядке предложения в проект республиканского бюджета о финансировании программ развития и улучшения здравоохранения, научно - исследовательских и научно - прикладных работ в области здравоохранения.
4.7. Подготавливать и вносить в установленном порядке предложения о создании, реорганизации и ликвидации республиканских государственных учреждений здравоохранения и республиканских государственных унитарных предприятий.
4.8. Проводить в установленном действующим законодательством порядке конкурсы на замещение вакантных должностей руководителей подведомственных Карачаево-Черкесских республиканских государственных унитарных предприятий и республиканских государственных учреждений.
4.9. По результатам проведенных конкурсов вносить в соответствующий уполномоченный орган представление кандидатур для назначения на должность руководителей подведомственных Карачаево-Черкесских республиканских государственных унитарных предприятий и республиканских государственных учреждений.
4.10. Согласовывать уставы учреждений и организаций, подведомственных Министерству.
4.11. Утверждать бухгалтерскую отчетность и отчеты учреждений и организаций, подведомственных Министерству.
4.12. Представлять в Правительство Карачаево-Черкесской Республики заключения по отчету учреждений и организаций, подведомственных Министерству, о финансово-хозяйственной деятельности.
4.13. Осуществлять в установленном порядке финансирование подведомственных учреждений, работ по развитию здравоохранения в соответствии с утвержденными целевыми программами в пределах устанавливаемых лимитов финансовых средств.
4.14. Осуществлять руководство в сфере здравоохранения Карачаево-Черкесской Республики в установленном порядке через подведомственные органы и организации.
4.15. Издавать приказы по вопросам, отнесенным к компетенции Министерства, доводить их до сведения исполнителей.
4.16. Вносить в установленном порядке в Правительство Карачаево-Черкесской Республики предложения, а также самостоятельно создавать комиссии, советы и иные органы по вопросам охраны здоровья, утверждать их состав и положения о них.
4.17. Направлять материалы о нарушениях действующего законодательства в области здравоохранения в соответствующие правоохранительные и иные органы в установленном порядке.
4.18. Определять в установленном порядке задачи, функции, порядок деятельности подведомственных учреждений.
4.19. Рассматривать конфликтные ситуации, связанные с предложениями, заявлениями, жалобами граждан, и принимать по ним необходимые решения, организовывать прием граждан по вопросам, отнесенным к компетенции Министерства.
4.20. Осуществлять иные права в соответствии с действующим законодательством.