5.1. Министерство возглавляет Министр здравоохранения и курортов Карачаево-Черкесской Республики (далее - Министр), назначаемый на должность и освобождаемый от должности Президентом Карачаево-Черкесской Республики по представлению Председателя Правительства Карачаево-Черкесской Республики по согласованию с федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере здравоохранения.
5.2. Министр имеет заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Президиумом Правительства Карачаево-Черкесской Республики по представлению Министра в соответствии с действующим законодательством.
В период временного отсутствия Министра (в связи с болезнью, командировкой и по другим причинам) его обязанности исполняет один из его заместителей на основании соответствующего приказа по Министерству. Заместитель Министра, на которого возложено исполнение обязанностей временно отсутствующего Министра, обладает правом подписи документов, в том числе в установленном порядке финансовых документов, правом решения кадровых вопросов и иных текущих вопросов, возникающих в процессе деятельности Министерства.
5.3. Министр:
5.3.1. Руководит на принципах единоначалия деятельностью Министерства, координирует и контролирует деятельность подведомственных учреждений.
5.3.2. Осуществляет руководство Министерством.
5.3.3. Несет персональную ответственность за осуществление Министерством возложенных на него задач и функций.
5.3.4. Обеспечивает деятельность Министерства в соответствии с действующим законодательством.
5.3.5. Распределяет должностные обязанности между заместителями Министра, руководителями структурных подразделений и иными работниками Министерства.
5.3.6. Вносит в установленном порядке на рассмотрение Правительства Карачаево-Черкесской Республики проекты нормативных правовых актов по вопросам, относящимся к компетенции Министерства.
5.3.7. Осуществляет подбор и расстановку кадров в Министерстве, применяет к работникам Министерства меры поощрения и дисциплинарного взыскания.
5.3.8. Действует без доверенности от имени Министерства, представляет его в суде, Арбитражном суде, органах государственной власти, органах местного самоуправления и организациях, выдает доверенности на представление интересов Министерства, совершает сделки, иные юридические действия в пределах своей компетенции.
5.3.9. Организует прием граждан по вопросам, входящим в компетенцию Министерства, обеспечивает регистрацию и учет принятых по ним решений.
5.3.10. Вносит предложения по изменению структуры и штатного расписания Министерства в пределах установленного фонда оплаты труда и численности работников, сметы расходов на его содержание, предусмотренных на соответствующий период в бюджете Карачаево-Черкесской Республики.
5.3.11. В пределах компетенции Министерства издает приказы, утверждает положения, инструкции, дает указания, поручения на основе и во исполнение действующего законодательства.
5.4. В Министерстве образуется коллегия для решения основных вопросов здравоохранения в Карачаево-Черкесской Республике в составе Министра - председателя коллегии, его заместителей, являющихся членами коллегии по должности, руководящих работников и специалистов учреждений здравоохранения. Состав коллегии и положение о коллегии утверждается Министром.