Основными задачами Министерства являются:
2.1. Проведение на территории Карачаево-Черкесской Республики единой государственной политики в сфере здравоохранения, разработка приоритетных направлений развития здравоохранения, контроль за соблюдением в пределах установленной компетенции федерального и республиканского законодательства в указанной сфере.
2.2. Осуществление общего руководства и контроля за организацией оказания медицинской помощи населению, контроль за рациональным использованием материальных, трудовых и финансовых ресурсов.
2.3. Координация и обеспечение взаимодействия в установленном порядке государственной, муниципальной и частной систем здравоохранения.
2.4. Разработка и реализация концепции развития здравоохранения в Карачаево-Черкесской Республике.
2.5. Разработка и реализация республиканских целевых программ, участие в разработке и реализации федеральных целевых программ по развитию здравоохранения, профилактике заболеваний, оказанию медицинской помощи, медицинскому образованию населения и другим вопросам в области охраны здоровья населения Карачаево-Черкесской Республики.
2.6. Обеспечение государственных гарантий медицинской помощи населению Карачаево-Черкесской Республики в соответствии со стандартами, нормами и нормативами в области здравоохранения.
2.7. Контроль за соблюдением нормативов и стандартов в сфере здравоохранения, обеспечение развития первичной медицинской, других видов медицинской помощи и лекарственного обеспечения.
2.8. Профилактика инвалидности и медицинская реабилитация.
2.9. Организация комплекса мероприятий по медицинскому обеспечению материнства и детства.
2.10. Обеспечение функционирования системы медицинского специального профессионального образования на территории Карачаево-Черкесской Республики.
2.11. Организация научных исследований, внедрение достижений науки и техники в медицинскую и фармацевтическую практику.
2.12. Обеспечение в установленном порядке функционирования службы медицины катастроф совместно с федеральными и окружными органами государственной власти; осуществление и координация мобилизационных задач и вопросов гражданской обороны в сфере здравоохранения.
2.13. Проведение анализа состояния здоровья населения Карачаево-Черкесской Республики, деятельности организаций здравоохранения в Карачаево-Черкесской Республике и разработка мероприятий по их улучшению.
2.14. Сбор и представление аналитической и статистической информации о развитии здравоохранения и состоянии здоровья населения Карачаево-Черкесской Республики Президенту и Правительству Карачаево-Черкесской Республики, Министерству здравоохранения и социального развития Российской Федерации в установленном порядке.
2.15. Содействие развитию системы медицинского страхования населения Карачаево-Черкесской Республики.
2.16. Защита и обеспечение конституционных прав граждан Российской Федерации, проживающих на территории Карачаево-Черкесской Республики, в сфере здравоохранения.
2.17. Подготовка предложений по совершенствованию законодательства по вопросам, относящимся к компетенции Министерства.